Em 1999, um grande meteoro caiu sobre a cidade de Tóquio, devastando uma grande área e matando várias pessoas. Sete anos depois, começaram a se tornar mais constante o aparecimento de estranhos monstros, denominados Worms, e que atacam as pessoas, para depois assumir suas aparências. Para combatê-los, a organização ZECT, que já tomou conhecimento deles desde alguns anos depois da queda do meteoro, preparou um sistema especial de combate para abater as criaturas, o Masked Rider System (um cinto de transformação). Kagami Arata, um membro aprendiz da ZECT, garçom de restaurante e operador de campo, tem a missão de entregar o Masked Rider System ao agente selecionado pela organização para ser a mais nova força de combate aos Worms. Tentando cumprir sua tarefa, Kagami é abordado por um pequeno grupo de Worms, que tentam matá-lo. Disposto a enfrentá-los, Kagami decide usar o cinto e se transformar em um Rider. O dispositivo de transformação em forma de besouro, Kabuto Zecter, vai parar nas mãos de um estranho, que tem seu próprio cinto e usa o Zecter para se transformar em Kamen Rider Kabuto. Quando os Zectroopers - os soldados da ZECT - e o agente superior de Kagami o encontram desacordado, percebem o ocorrido. Antes que possam fazer qualquer coisa, o homem misterioso que se transformou em Kabuto desaparece, sem deixar o menor vestígio.
Começa, então, as aventuras cheias de mistérios e ação de Kamen Rider Kabuto.

Lista de Episódios

Dvd: 01
01. The Strongest Man
02. The First Two-Step Transformation
03. I am Justice!!
04. Love Explanation!!

Dvd: 02
05. Order to Capture!!
06. My Flower
07. #2 Appears
08. Angry Tofu

Dvd: 03
09. The Bee's Insanity!!
10. I'm Not Your Friend
11. The Party Burns
12. The Makeup Thousand-Man Cut

Dvd: 04
13. The Team Dissolves
14. Back of the Back of the Back
15. The Monster Noted Doctor!?
16. An Unthinkable Storm

Dvd: 05
17. Restored Memories!!
18. Farewell, Gon…
19. Scorpion Millionaire
20. Hey, Jiiya

Dvd: 06
21. VS Stag Beetle
22. Birth of a Special Compilation
23. Riddle + Riddle = X
24. The Ramen Way

Dvd: 07
25. The Proud Searchlight
26. Love That Shook the Earth
27. Me!? A Murderer
28. Why!? Death

Dvd: 08
29. The Dark Kitchen
30. Miso Soup Ascension
31. Shocking Fact
32. Puzzle Unraveled!!

Dvd: 09
33. The Sprouting Adjutant
34. Breaking Super Evolution
35. The Hellish Brothers
36. Red Shoes' Recklessness

Dvd: 10
37. School's Ghost Story
38. The Dangerous Younger Sister
39. The Powerful Black Opponent
40. The Saddest Battle

Dvd: 11
41. The Strongest Defeated
42. Worst Terror VS Worst Fear
43. The Me Targeting Me
44. What Is to Live

Dvd: 12
45. Christmas Earthquake
46. Farewell, Tsurugi!!
47. Rushing into the Last Chapter
48. Tendou Dies!!
49. Path of Heaven