Episódios: 44
Completo: Não
DVDs: 3
Áudio: Português
Legendas: Não
Qualidade:Boa

Estreou em 2003 a segunda série animada das Tartarugas Ninja. Dessa vez, os Estúdios Mirage, que publicam os quadrinhos, detêm um terço das ações do desenho, garantindo uma adaptação fiel da visão de Peter Laird e Kevin Eastman.
Nenhuma das criações do desenho de 1987 retornam: nada de Krang, Bebop e Rocksteady, etc. O próprio Destruidor agora é o vilão principal, sem as características cartunescas e com ninjas humanos para substituir robôs que as Tartarugas destruíam sem remorsos.
April O´Neil também deixa de ser a repórter seqüestrada em cada episódio para ficar mais próxima dos quadrinhos, como a assistente de cientista que pode cuidar de si ao invés de gritar por ajuda. Casey Jones, o violento vigilante que usa acessórios esportivos como arma também está presente, com uma participação maior do que na série antiga.
A animação de 1987 estreou a diferença cromática entre os heróis pelas cores de suas máscaras. A série de 2003 leva essa idéia adiante, dando a cada tartaruga uma tonalidade diferente. Leonardo é o verde básico, Michelangelo é verde azulado, Rafael verde escuro e Donatello é verde oliva. Splinter também deixou de ser um rato marrom e passou a ter o pêlo cinzento.
Nas quatro primeiras temporadas, foram produzidos 104 episódios. A quinta ganhou o subtítulo de “Fast Forward”, com os heróis viajando acidentalmente para o ano de 2105 graças a um descendente de April e Casey, Cody Jones. Com 26 episódios programados, a série passa a ter um clima mais leve com as aventuras no futuro, sem o Destruidor. Curiosamente, a temporada anterior terminara com um gancho que não foi utilizado em Fast Forward.
Na verdade, foram produzidos 13 episódios de uma outra temporada que daria continuidade aos eventos, mas foram deixados de lado, possivelmente devido a um contrato de linha de brinquedos baseados na nova história. Alguns desses “episódios perdidos” foram exibidos na televisão enquanto os fãs aguardam seu lançamento em DVD.